Η Ακαδημία Ποδοσφαίρου Αλέξανδρος Κιλκίς ιδρύθηκε το 1999 από το Θεόδωρο Ντουντούκη και διευθύνεται τεχνικά από τον κ. Μιχάλη Αναστασιάδη, καθηγητή Φυσικής Αγωγής και κάτοχο διπλώματος προπονητικής UEFA A’, ενώ την αγωνιστική καθοδήγηση και διαπαιδαγώγηση των μικρών αθλητών έχουν αναλάβει οι πλήρως καταρτισμένοι, επίσης καθηγητές Φυσικής Αγωγής, κ.κ Βασίλης Παμπορίδης, (κάτοχος πτυχίου UEFA Α’),Κώστας Ντουντούκης (κάτοχος UEFA C’),Κώστας Τσακιρίδης (κάτοχος UEFA B’), ο καθηγητής Φυσικής Αγωγής κ.Βασίλης Ορμανίδης και ο κ.Πολυχρόνου Θεόδωρο( Καθηγητής Φυσικής Αγωγής) ,Αλέξης Δούγιας και Ιασωνίδης Γιάννης(καθηγητές Φυσικής Αγωγής) . Ως τεχνικός υπεύθυνος είναι ο καθηγητής Φ. Αγωγής Νίκος Μούρος. Μάλιστα, στην Ακαδημία λειτουργεί και σχολή τερματοφυλάκων, με υπεύθυνο προπονητή τον κ.Γρηγόρη Αθανασίου (επαγγελματίας Ποδοσφαιριστής Τερματοφύλακας)